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适用税率和计税基数变化。“营改增”试点前，营业税以营业额为计税基数计算应缴营业税。“营改增”实施后，按相应的增值税税率或征收率计算应缴增值税。应缴增值税是按照销项税额减进项税额来计算。增值税的计税基数无论是一般纳税人的销项税额和进项税额，还是小规模纳税人都按不含税价计算。企业需重新建立应缴税金核算账目，按增值税计算方法核算应缴税金，填制增值税纳税申报表申报纳税。
对定价机制将产生影响。例如，某交通运输业一项运输业务收费为100元，试点前扣除3%的营业税（暂不考虑其他附加税费）后净收入为97元。“营改增”后，如果定价仍为100元（含税价），增值税税率为11%，企业所得的净收入只有90.09元（100÷1.11%）。因此，“营改增”对企业定价机制将产生一定的影响，企业需对定价机制做相应调整。
对财务核算将产生影响。试点前，主营业务收入反映含营业税的销售收入，试点后主营业务收入反映的是不含增值税的销售收入，即使实际税负变化不大，净收益绝对额不受影响，企业的利润率（利润÷主营业务收入）也会上升。此外，增值税不反映在损益表中，在账务处理上也与现行营业税不同，都会影响企业财务报表的数据结构。企业在进行核算分析、经营决策时，需重新审视其毛利率、净利润率等指标。
对发票使用管理将产生影响。增值税专用发票相比营业税服务业普通发票而言，管理与违法处罚的力度更大，因为其直接影响到企业对外提供服务产生的销项税额和对方的进项税额，进而影响购销双方的应纳税额。我国刑法对增值税专用发票的虚开、伪造、非法出售与违规使用行为都做了专门的处罚规定。
