一直以来，医疗机构游离于税务部门的正常监管之外，造成大量的税收流失。记者通过调查发现，目前不少医疗机构借口享受国家支持医疗事业发展的有关税收优惠政策，而对依法应该缴纳的税款采取种种手段偷逃。
记者在安徽省淮南市调查时发现，相当多的医疗机构存在偷逃税问题。根据相关规定，非营利医疗机构从事非医疗服务取得的收入，应申报纳税。而实际情况是，部分医疗单位取得房屋租赁收入、财产转让收入、对外投资收入等长期挂往来账，没有单独核算及申报纳税。
大多医疗单位取得的房租等非医疗收入不开具正式发票，以收据入账，或不开票、不记账。同时医疗单位购进药材以白条、收据入账现象较为严重，给税务部门核算营利性医疗单位成本、费用及应税利润带来困难。
大部分医疗机构仅就职工的基本工资代扣代缴个人所得税，而另外发放的达基本工资60％～70%的劳务工资、奖金津贴以及各项提成、补助等均未履行代扣代缴义务。此外，一些医疗机构代扣外聘专家的坐堂、出诊费应纳个人所得税，不是按照“劳务报酬所得”而是按照税率较低的“工资薪金所得”计算，造成少代扣代缴个人所得税。
记者发现，医疗机构缴纳印花税几乎是空白。多数医疗机构在签订租赁合同、建筑工程合同、药品采购合同时均不缴纳印花税，尤其是药品采购合同，中等以上规模的医疗机构其金额一年即可达千万余元。有的医院甚至连经营账簿也未贴花。
淮南市地税局有关人士说，医疗机构不缴、少缴税款的原因有多种，主要原因还是医疗机构的性质难以界定。
对医疗机构是否征收流转税、财产税和企业所得税的主要依据是其经营性质，而按照现行定性标准，一些医疗机构的性质难以准确界定。当前许多企业开办的医疗机构，按其资产来源、收入使用来看符合非营利性标准，但其财务核算无法严格按照财政部非营利性标准进行，相关部门也就无法认定其为非营利性医疗机构，而认定其为营利性医疗机构又与事实不符，形成了“两难”的局面。
目前淮南市共有100张床位以上规模的医疗机构26所，其中15所被确定为非营利性，剩余11所无法界定其经营性质，对这些医疗机构是否征税，税务部门也处于左右为难的境地。
从1999年实行医疗机构定性制度至今，界定工作进展缓慢。据了解，其中有标准难以掌握的客观原因，也有部门扯皮等主观原因。对医疗机构经营性质界定的主要目的之一就是征不征税，而目前税务部门被排除在定性部门之外，也在一定程度上增大了对医疗机构实施税务管理的难度。
记者还了解到，非营利性医疗机构从事的应税经营项目隐蔽性非常强。非营利性医疗机构与其他社会组织或个人，合资合作设立营利性的科室、病区后，取得的收入，常按双方合同约定的方式和比例进行分配。这些科室、病区等由个人承包经营，承包人有独立的经营权，在财务上独立核算，并定期向发包者或出租者上缴承包费或租金。一些个人或其他社会组织，还以所谓的专家会诊、新药推介活动等名义，在非营利性医院内进行诊疗和药品推销，如不主动申报纳税，税务部门根本无法掌握。
由于医疗机构长期处于税收征管“真空地带”，导致医疗机构从业人员纳税意识的相对淡薄和税收知识的严重缺乏，甚至许多医疗机构的负责人和财务人员认为医院是国家规定的免税单位，突出表现为不缴印花税和少缴个人所得税。
淮南市地税局有关人士说，税务部门要加强对医疗机构的纳税检查。检查重点应放在医疗机构临时聘请坐堂专家或提供其他服务的人员所取得的收入，是否已按“劳务报酬所得”代扣代缴个人所得税；非营利性医疗机构从事的应税经营行为，是否已单独核算并申报纳税等。
