中共十六届三中全会明确提出了中国税收制度进一步改革的“简税制，宽税基，低税率、严征管”12字原则。这与国际税改浪潮的宗旨是一致的。税制改革需要在确立其框架的基础上，做好具体的数据测算以及分步实施的各项方案。
改革步骤：总体设计，分步实施
税改是涉及制度变迁的庞大系统工程，需要一系列配套措施。因此，分步实施的改革是可行的，其优点在于可以分散改革风险。但在设计方案时，首先应该制定明确的总体目标，分步实施的一揽子改革措施以及所有税种的设计均应对此总体目标充分考虑，避免政策不衔接，避免先行出台的给未来的改革设置障碍。
根据12字原则，从税法角度看应该统一和公平；从税收负担看应该减轻；从征管制度看应该简化和有效率。近期目标是结合税费改革，对现行税制进行有增有减的优化调整；长远目标是在规范各个税种的基础上，组成协调的城乡统一的税收体制，并加强法制化，保证其权威性和稳定性。
在总体目标明确的前提下，根据当前具备的条件和税制改革的轻重缓急程度，各项政策可以陆续推出，逐步到位。
第二，分步实施的改革过程不宜过长，应适当加快改革进度。过长的改革过程，从改革效应看，可能出现暂时性的无效率，难以发挥预想作用；从税制角度看，破坏了税法统一，导致税制更加不公平；从具体操作看，造成过多矛盾，增加征收管理的难度。
税收政策应该为市场经济提供公平的竞争环境，对纳税人的区别对待可能造成新的行为扭曲。分步实施的原因之一是出于对改革成本的顾虑。目前的增值税转型改革，只是在局部地区、若干行业试行对机器设备投资的抵扣，这种办法有可能带来征收管理的新矛盾，应该尽快过渡到对全国各行业实行增值税转型，并最终实现全部新增固定资产纳入抵扣范围，以便彻底解决重复征税和税负不公平的问题。
第三，税制改革需要一系列其他配套措施，如政府职能的转换，预算管理制度改革，社会信用、个人信用制度和财产登记制度，以及银行和金税工程的联网的建立等。
特别值得指出的是，下一步的税制改革既有增收效应，也有减收效应，从总体上看，不少措施都具有减税效应，税费负担是下降的。为减少财政风险，政府支出结构和预算管理方面的改革刻不容缓。
分步改革措施的具体设计
下一步税制改革主要是在现行税制框架下进行有增有减的优化调整。包括合并一些重复设置的税种；调整交叉设置（或不合理设置）税种的征收范围；停征若干税种；开征一些新税种。从改革步骤看，增值税转型和统一内外资企业所得税，是首先要解决的。因为在自由准入的市场条件下，现行的生产型增值税和企业所得税的两套税法严重影响了内外资企业的公平竞争。
1.增值税转型已先行开始试点。第一阶段目标是实现全国范围内对机器设备投资抵扣。最终目标是实现全部新增固定资产纳入抵扣范围。扩大增值税范围虽也涉及内外资企业的公平税负问题，但因需要同时改动营业税，将会影响到中央和地方的财政关系，可作为第二步改革的内容。
2.消费税扩大征收范围和提高税率的改革可尽快出台。在立法开征环境保护税之前，可通过增加税目和提高税率，加大消费税对环境和资源的保护力度。但调整消费税纳税环节的改革可以放后一些。
3.企业所得税的两法统一是当务之急。包括纳税人认定、计税成本、税率、优惠政策等方面都要统一，并符合“宽税基、低税率、少优惠”这一世界税制改革的发展趋向，建立统一的法人所得税制度。建立所得税会计制度，实现企业所得税的税前足额抵扣。统筹考虑法人所得税与个人所得税的衔接，建立两税协调的所得税制度。
4.个人所得税改革有待诸多配套设施的建设。但当前仍可开始做小的调整，如提高起征点、减少累进税率级次等，待条件具备时再进行综合征收的改革，最终实行包括税前扣除的分类综合个人所得税制度。
5.作为地方主体税种的财产税改革，应该在建立资产评估手段和财产登记制度的同时着手进行。并辅以经过改革后的其它各个地方税种，逐步形成具有一定收入规模的地方税体系，解决目前地方财政没有稳定税源，县、乡两级入不敷出的问题。
6.作为阶段性目标的农村税费改革，虽然降低了农民负担的平均水平，但存在农民负担累退性问题，应该立即解决。城乡一体化税制是改革的最终目标。在取消与市场经济格格不入的现行农业各税的同时，逐步建立城乡统一的税收制度，包括间接税方面的农业增值税改革，以及直接税方面的城乡统一的个人所得税和财产税。
7.从税费一体化的角度统一设计。税费改革的实质目的是为了在规范政府收入机制的基础上，规范政府行为。把费的治理同税改结合考虑，有利于从根本上解决税费改革问题。如社会保障、环境保护、稀缺资源等的税费改革，都应列入考虑之中。
不同级次政府之间要有税权划分
税收立法权（制定、修改、解释、废止税收法律规定的权力）在中央和地方立法机构之间的合理划分，不仅有利于税收法制化建设，也有利于分税制财政体制的进一步完善。
中国宪法规定，在不与宪法和行政法规抵触的前提下，省级人大可以制定地方性税收法规。1994年税改也规定将属于地方收入的管理权限下放给地方。但这项规定并未实现。地方政府只享有少数地方税法的实施细则制定权，其他的地方税税种的立法权、税法解释权、税目税率调整权、税收减免权等均集中于中央。
给予地方立法机构一定的税收立法权是十分必要的。特别是进行税费改革后，部分收费要改为税收，而且很多地方政府原有的收费千差万别，统一的中央政府立法有很大难度，需要在地方立法机构解决。
税收立法权的划分，在统一税政的前提下，首先给予省级立法机构一定的地方税种立法权，包括税种的开、停征权，税目调整权、税率浮动权、税收优惠权（共享税中的地方分享部分也应有减免权）。但值得指出的是，适当下放税收立法权限，需要配合不同级次政府事权的改革；彻底解决地方滥用收费权，及干预税收执法的现象；并完善政府间转移支付制度。
完善税法体系，提高税收遵从率
税收遵从指纳税人自觉履行税法的程度。税收遵从率的提高，意味着税收奉行成本的减少，以及经济整体效率的提高。
无论是采用综合立法形式，还是采用单独立法形式，必须建立一套有税收基本法统领的完整的税法体系。税法体系有必要进一步完善，以便配合当前正在启动的新一轮税制改革。只有公平的简化的税收制度，才能鼓励纳税人自愿守法，提高税收遵从率。对于税收征管来说，包括税种、税目、税基、税率及其档次的设计，要考虑征收成本，要合理、简化易征。值得指出的是，税制需要简化，以便于征纳双方，但税法必须详细，以避免偷漏行为。
