2004年6月30日，国家税务总局和财政部联合发出了《减免税普查实施方案》，其中规定，为了全面了解减免税的基本情况，促进减免税政策的落实，分析减免税的政策效应，提高减免税政策的管理水平，决定对2003年全国减免税情况进行一次普查。此次普查是指国家为鼓励和照顾某些纳税人和征税对象，减少其计税依据或者从其应征税款中减征部分税款或者免征全部税款的税收优惠措施，包括税率式税收减免、税基式税收减免和税额式税收减免三类。这是我国建国以来首次对税收减免进行大普查。
在我国现行宪法中，关于税收制度的表述寥寥无几。有关征税和税收减免的规定散见于法律、行政法规和部门规章中。这些规定构建了我国税收制度的基本体系。以企业税负为例，根据现行的规定，企业应当缴纳所得税、增值税、营业税、消费税、资源税、关税、城镇土地使用税、城市维护扩建税、耕地占用税、土地增值税、房产税及车船使用税、印花税、契税等。根据外商投资企业的规定，外商投资企业要缴纳外商投资企业和外国企业所得税、城市房地产税、车船使用牌照税等。但是，我国的许多行政法规和部门规章同时又规定，企业在某些情况下可以享受税收优惠，税收优惠形式包括：减税、免税、退税、投资减免、快速折旧、亏损结转抵补和延期纳税等。而这些优惠措施主要是给予外国企业和外商投资企业或者在各类经济特区内企业的。这种税收制度上的一张一弛，导致中国的税收制度缺乏合理性。在现实生活中，一些税务部门认为税收减免措施是吸引外资的最好方式，所以，他们在国家的税收制度之外乱开口子，使得中国的税收制度变成了弹性巨大的经济制度。据国家审计署审计，2001年，审计署共查处税务部门违反规定缓征税款63.26亿元，违反规定减免税款27.61亿元，应该征收而未征收、少征收税款33.99亿元。在有些外资企业，一方面连续亏损，而另一方面却不断追加投资。之所以如此，就是因为中国的税收制度不合理，形成了大量的征管漏洞。据国家税务总局官员介绍，外资企业一年税收流失300亿元人民币。
这种税收制度上的混乱局面严重地影响中国统一市场的建立。一些内地企业为了享受税收优惠，千方百计地将自己改造成为合资企业。还有些企业为了规避国家的税收征管，周期性地消失。在东南沿海一带，内资企业到境外注册公司然后再回到内地投资的现象比比皆是。所有这些，严重地扭曲了中国的投资市场，造成了中国税收的大量流失。
如果说税收制度缺乏刚性是中国税收混乱的根本原因，那么，税收征管中的乱开口子则是中国税收混乱的结果。在现代市场经济国家，税收制度是一个国家基本经济制度的重要组成部分，也是一个国家宪政制度的基石。西方国家的宪政革命无不是从税收制度改革开始的。有些学者把宪法上税收分配的规则称之为“元规则”，认为它是一切规则的源泉。而在我国，税收这样一种重要的制度却无法上升到宪法的层次。中央和地方、地方与地方之间为了税收的减免而经常性地讨价还价，有的地方为了吸引外资甚至先斩后奏，直接行使了本应由中央政府才能行使的税收减免权。税收制度和税收征管制度的不平等，导致中国各地经济发展出现了严重的不平衡，也导致中国不同阶层、不同行业利益分配出现了巨大的倾斜。可以说，中国当前所面临的许多问题都与中国的税制不合理有关。所以，进行减免税普查工作，具有重大的现实意义。
然而，正如人们所预想的那样，由于税收制度本身缺乏权威性，一些税收征管部门税收的增加和减免带有很大的随意性，因此，很难保证此次普查工作能够达到预期的目的，在普查工作中，人们可能会看到行政手段的巨大威力，但却看不到法制的作用。所以，要想从根本上改革中国的税收制度，必须从宪法的层次思考问题，必须将税收的征管纳入到宪法的范围之内，建立统一的权威的税收体系。
如今，中国的税收问题主要集中在以下三个方面：一是中央和地方税收权力划分不当，税收权力过分集中在中央一级，地方政府缺乏行使管理权力的经济基础；二是税收体系异常混乱，税制之间缺乏有效衔接和必要的平衡，许多市场主体处于不平等的竞争地位；三是税收减免制度不合理，执行成本过高，许多企业不得不通过体制外的非法途径获取减免税的资格。鉴于此，中国此次税收减免普查工作，应该只是中国税收制度改革的第一步，在今后的日子里，应当抓紧修改我国的宪法和法律，将税权和税收征管权用宪法和法律的形式固定下来，建立一套科学、系统、公平的税收体系。
