从“减轻”农民负担看，现行农村税费改革成效显著。但是，从村集体财务、农村中小学财务、地方政府财务特别是乡镇政府财务等看，农村税费改革却不尽如人意，许多乡镇捉襟见肘，成为典型的“吃饭财政”，有的连“吃饭”都难以保证，运转困难，新矛盾凸现。之所以如此，究其原因在于，农村税费改革面临以下难题：
一、公共收入（财权）关系未澄清
1、公共收入的形式。
（1）涉农税收。农村税费改革取消屠宰税，取消除烟叶外的农业特产税，调整并逐步取消农业税牧业税。耕地占用税是在占用耕地时一次性收取，它本质上是土地使用权的价格，而不是税。因此，按这种趋势，现在的农业将基本不存在什么税收。但是，农业到底是走向一个“免税区”，还是一个“税收优惠区”，抑或是应该建立与城区相统一的税制，理论上没有说清楚，实践中更是存而不论，也没有一个明确的说法。
（2）涉农收费。农村税费改革对涉农收费项目如行政性收费、事业性收费、经营性收费等，实行公示、明码标价，统一规定收费项目、标准、依据，取得了很好的效果。但是，取消“三提”，代之以农业税附加，并实行村财乡管，尽管强化了管理，却违反了“费”的经济属性，因为村集体是群众性的自治组织，不是一级政府，其管理及提取的标准应当由村民大会民主决定。取消统一规定的劳动积累工和义务工，村范围内筹资筹劳实行“一事一议”，尽管回归了其经济属性，但在操作管理上存在问题。
2、公共收入的归属与管理。
（1）各级次政府间收入权限的划分。部分地区进行“省直管县”的试点，部分地区推行“乡财县管乡用”。这些改革措施有其效果，但仍只是一种行政性的的调整，从法制角度看，税收与税权的划分基本没有变化，并没有根本触动财政收入体制。
（2）乡镇政府与集体间收入权限的划分。通过“乡管村财”等方式理顺乡镇政府与村集体的财政关系，但同时带来的问题是，逐步取消农业税意味着同时逐步取消依附在农业税上农业税附加的“村财乡管”的机制，这其实是要求提高农业税附加的自治成分。但不继续理顺农村公共分配关系，乡镇政府与集体间收入权限的划分将面临新的问题。
二、公共支出责任（事权）未理顺
1、政府与市场的支出责任。改革后，行政单位依然没能提供更好、更多的地方公共商品，如维持农村社会治安、制定城镇发展规划、进行乡村基本建设和农村社会保障体系建设、为农民和乡镇企业的生产提供咨询培训服务等。
2、各级政府（纵向）的支出责任。农村税费改革以来，尽管中央、省级政府开始逐渐承担较大的支出责任，但是，中央、省级政府、省以下地方各级政府到底各自应该承担多大比例的责任，依然模糊不清，并没有相关的制度或法律予以明确的界定，或者说，选择权或自由裁量权依然掌握在中央政府手中。
3、各政府部门（横向）的支出责任。改革以来，尽管许多地方行政机构特别是乡镇行政机构改革不再强调上下对口，进行了精简；对于事业单位，按照“大农业”和社会化服务的要求，将职能相近与服务领域相同的机构逐步加以合并，综合设置。但实际上并能改变政府职能在部门之间权力争相行使、责任相互推诿的问题。
三、公共预算未能平衡
1、县乡镇财政平衡问题。尽管通过减人、减事、增收等多种途径减轻财政支出压力，但解决“人到哪里去”的办法多是以“提职提薪”为条件提前退休、退养，养人的负担并未减轻。许多县仍然存在财力缺口，县财政不堪重负，无力向乡镇增加转移支付，乡镇运转困难。针对税费改革对县乡财政收入的影响，除了增加中央和省级财政对县乡财政的专项转移支付予以补充，改革并没有根本触动我国的财政体制。许多县与乡镇财政预算平衡困难，是典型的“吃饭财政”，根本谈不上搞建设。
2、村集体财务问题。改革后，虽然通过减并村组，村级财务、账务双代管制度，村干部工资由农业税附加予以保障，压缩了各项开支，村级组织能正常运转。但它是建立在对村级债务“存而不论”，或者说是没有为村债务提供有效的解决渠道的基础上的。各村虽然加大了村级债务化解的力度，但许多村没有集体经济或集体经济很弱，或者村组集体经济发展无后劲，村级大部分债权为呆债、坏债。
3、农村中小学财务问题。取消教育集资，教师工资由县财政统一发放，教师工资有了保障。但实行“一费制”，收费标准较低，中央和省级财政专项转移支付以及县乡财政安排的公用经费很少或根本没有，收费成为学校公用经费的惟一来源，农村中小学因公用运转经费不足导致正常运转比较困难。此外，学校“普九”所欠债务问题与村级债务问题相似，没有有效的偿还渠道。
四、公共决策机制未受到重视
1、基层民主问题。基层民主在财政上体现为公共品的预算决策机制应该是自下而上、农民有权监督预算的执行和决算结果。而在我国农村却与此不符：
（1）乡镇财政预算中缺乏民主。乡镇范围的公共商品，其受益在乡镇，决策权也应在乡镇一级，准确地说应由农民决策，但农村税费改革没有改变上级政府代替乡镇政府决策、乡镇政府代替村委会决策、乡镇政府和村委会代替农民决策、不问农民需要不需要的现状。
（2）村财务预算中缺乏民主。村委会是农民的社区自治组织，村财务和村组织应由村民决定，村主任由村民选举。而村主任的产生及其“财权”实际上不是由选举人决定，而是由乡镇政府决定。这说明，政府并没有把村庄看作是村民自治组织，而是当作乡镇政府的派出机构来管理。“费改税”将“三提留”变为“农业税附加”，剥夺了农民的决策权。
（3）预算执行与决算监督中缺乏民主。从监督角度看，资金收支的执行过程和结果不向同级人民代表大会或村民报告，缺乏社会监督，农民未能公共决策过程中行使监督的权利。
2、法制问题。市场经济是法制经济，法律是政府主体和市场主体都必须遵守的行动准则。但实际上，政府的很多行为没有法律依据或与法律相抵触，农村税费改革也没有为其提供一个法制框架或依据。
（1）公共支出决策机制中的法制问题。按照预算法的规定，我国的预算管理体制是实行分级预算，本级政府预算由本级政府编制，由本级政府辖区内的人民经民主程序决定。改革后，除村范围内公共支出实行“一事一议”外，其他乡村公共支出几乎依然都没有遵循预算法或预算法没有具体规定，典型的如义务教育，依然是上级政府决策，下级政府出钱，本级政府辖区内的人民没有发言权。
（2）公共机构设置中的法制问题。各地改革通过定职能、定机构、定编制和领导人数，精简了机构和人员，但各自为战，缺乏统一的法律规范。
凡此种种，农村税费改革改革尚未解决的诸多深层次问题表明，政府公共收入总是和政府公共支出联系在一起的，因而农村税费改革就不仅仅是政府公共收入的改革，还是政府公共支出的改革和政府公共管理方式的改革。
