会计报表审计与纳税审核都是利用企业的会计信息，对企业的各种报表进行审核，注册会计师和注册税务师根据不同的目的出具年度查账报告或纳税审核报告。也就是说，在实际操作中，两者的业务性质相似，技术上也有许多相同点，但两者也存在较大的差异。
1.审计关注的侧重点不同。会计报表审计主要是对资产负债表、损益表及现金流量表的审计。其关注的重点是会计主体是否遵循了国家的有关会计制度、准则，是否全面、总括地反映会计实体在一定时期内财务状况、经营成果和理财过程，即关注其真实性、充分性以及报表的公允性等。纳税审核的重点在于关注纳税人在一定时期内是否遵循了税法规定，按时定期足额缴纳了各种税款。
2.审计的标准不同。会计报表审计的标准是“重要性”与“公允性”。在对会计报表进行审计时，注册会计师按审计准则执行独立审计业务，只要被审计单位的会计报表符合公允性、一贯性标准，会计报表中错漏的严重程度不致影响到会计报表使用者的判断或决策时，注册会计师就可以出无保留意见的审计报告。注册税务师纳税审核的标准是“合法性”，同时符合“准确性”标准。从执行法律的严肃性方面而言，注册税务师进行纳税审核必须保证“万无一失”，单从这一层面上去理解，在进行纳税审核时，只要纳税人正确交纳了税款，纳税审查人员就无须承担什么责任了。这和会计报表审计有很大的区别。
3.对或有事项审计时的不同。或有事项是指过去的交易或事项形成的一种状况，其结果须通过未来不确定事项的发生或不发生予以证实，是一种具有较大不确定性的经济事项，比如未决诉讼、债务担保、产品质量保证、票据贴现和背书转让等。或有事项对企业潜在的财务影响究竟有多大，企业因此而承担的风险又究竟有多大，都有必要通过企业的会计报表或会计报表附注予以反映，使会计报表使用者能够获得真实、充分、详细的信息，帮助其进行正确的分析、判断。所以，承担企业会计报表审计责任的注册会计师对被审计单位发生的或有事项应当给予必要的关注。而根据现行税法，纳税审查时是无须考虑或有事项的，可以忽略或减轻对或有事项关注的程度，因此，在纳税审核报告中，或有事项是无须披露的。
4.对期后事项审计时的不同。期后事项很可能会改变注册会计师对被审计单位会计报表公允性的意见，所以注册会计师必须对期后事项予以充分关注。根据期后事项对被审计单位会计报表公允性的影响，有两种事项需提请被审计单位管理者考虑，一是能为资产负债表日已存在情况提供补充证据的事项，这类事项需提请被审计单位调整会计报表；二是虽不影响会计报表金额，但可能影响对会计报表正确理解的事项，这类事项需提请被审计单位披露。比如资产负债表中被审计单位认为可以收回的大额应收款项，因资产负债表日后债务人突然破产而无法收回，在这种情况下，债务人财务状况显然早已恶化。所以，注册会计师应考虑提请被审计单位增加预提坏账金，调整会计报表有关项目的数额。而根据现行税法，在进行纳税审查出具纳税审查报告时，可以完全不予理会或披露。对第二类应予披露的期后事项，比如被审计单位合并、应付债券的提前兑付、所持用于短期投资和转卖的证券市价严重下跌、发行债券或权益证券、由于政府禁止继续销售某种产品所造成的存货市价下跌、需要为新的养老保险金计划在近期支付大笔现金、偶然性的大笔损失等都不影响当期的纳税审查结论。
5.对持续经营假设审计的不同。在非持续经营下的会计核算与持续经营下的会计核算存在本质的区别：一是在持续经营情况下，财务会计的目标是公允地反映企业的财务状况，经营成果及现金流量，而当企业处于清算过程或大幅度缩减经营规模时，其业务活动主要是清理、变卖财产、清偿债务和分配剩余财产，因此，其会计目标是如实反映财产变现和债务清偿情况。二是在非持续经营情况下的会计原则也不同于持续经营情况下的会计原则，其会计原则主要是收付实现制原则、变现价值原则等基本原则。三是由于非持续经营情况下会计信息的使用者及其对信息的需求与持续经营情况下存在着较大的差异，因而对被审计单位持续经营的关注是非常重要的，甚至影响报告的类型及格式。对于纳税审查，其关注程度则非常有限，主要关注销售价格、资产处置价格及税收优惠政策的适用性。
