提高增值税管理的质量与效率，既需要先进的信息技术手段的支持，又需要强化增值税的基础管理。具体建议：
一是健全完善增值税各项管理制度。建立健全包括税务登记、发票管理、纳税申报、税款征收、税源监控、纳税评估、税务稽查等各方面的规章制度，在明确实体性内容的同时，要注意程序性内容的规范，做到征纳双方在程序、手续上有章可循、准确无误。同时，简化审批程序，规范执法行为，并加强审批后的跟踪管理与监督检查。
二是强化增值税税源管理。1.加强户籍管理，减少漏征漏管户。与工商部门配合，通过户籍信息的核查和漏征漏管户的实地清理，摸清底数，健全户籍档案。2.开展纳税评估，提高增值税管理效率。税务机关通过实施纳税评估，可以根据其掌握的纳税人的纳税资料和财务资料，分析销售收入变动幅度、税负率变动幅度、增值税进项税额结构等，并对一系列的指标数据进行逻辑审核，及时发现异常情况，对有重大偷骗税嫌疑的，及时移送税务稽查部门实施税务稽查。3.实行分类管理，从根本上提高增值税管理效率。针对不同行业、不同规模纳税人，在严格评估的基础上，公正、合理地确定纳税信誉等级，对不同等级的纳税人在纳税申报、发票领购、税务检查上采取不同的管理和服务措施。要加大对大企业和重点税源的管理力度，全面掌握纳税人的生产经营、财务核算以及资金流转情况。
三是加强发票管理。重视运用“以票管税”的管理手段，对发票的印制、发放、领购、开具、取得、保管、缴销各个环节加强管理。不但加强增值税专用发票管理，也要加强海关完税凭证、农副产品专用收购凭证、废旧物资销售发票、运输发票和普通发票的管理。督促企业建立逐笔开具发票制度，强化税务机关发票验旧购新制度，落实限额限量供应措施。凡不按规定申报、缴税以及有税收违法行为的，可以停止发售发票，待改正后再予以恢复发售。尽量扩大普通发票的使用量。
四是实施增值税征管质量考核。应把登记率、申报率、入库率、欠税增减率、滞纳金加收率和处罚率等和宏观税负分析比较指标，作为衡量一个地区、一个税务管理部门增值税管理水平的主要指标。
